Informasi

Apakah pH mempengaruhi konstanta Michaelis?

Apakah pH mempengaruhi konstanta Michaelis?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Saya telah mencoba untuk mengkonfirmasi Km substrat (yaitu 34 +/- 4 mM). Nilai ini diperoleh dalam 50 mM MOPS, pH 6,3. Saya melakukan uji kinetika saya dalam buffer pH 7 dan memperoleh nilai Km di 21,5. Menurut makalah ini, Gambar 2C, aktivitas spesifik enzim yang dinormalisasi adalah sekitar 70% pada pH 6,3 dan sekitar 47% pada pH 7. Jika saya membagi 34 mM pada pH 6,3 dengan 0,7 (yang seharusnya membuat saya mendapatkan Km optimum pada pH optimum 5,5) dan kemudian dikalikan dengan 0,48, maka saya mendapatkan 23 mM. Namun, kertas mengatakan Km adalah antara 30 - 38 mM, jadi jika saya membagi 30 dan 38 secara terpisah dengan 0,7 dan mengalikannya dengan 0,47, saya mendapatkan masing-masing 20 dan 25,6 mM. Karena nilai saya berada dalam kisaran ini, ini berarti saya memiliki enzim yang tepat dan hasil yang sama dengan kertas.

Jadi pertanyaan saya adalah:

  1. Ketika kertas mengatakan Km adalah "34 +/- 4 mM", dapatkah saya berasumsi bahwa berarti Km dapat berada di antara 30 - 38 mM? Saya terkejut melihat seberapa luas jangkauannya. Saya berasumsi Km biasanya hanya satu nilai dengan penyimpangan paling banyak 0,1.

  2. Apakah pH mengubah nilai Km? Saya mengerti bahwa pH mengubah bentuk enzim dan/atau substrat. Oleh karena itu yang harus mempengaruhi seberapa banyak ia ingin mengikat substrat. Jika keinginan enzim untuk mengikat substrat menurun karena peningkatan pH, misalnya, itu berarti lebih banyak substrat yang dibutuhkan untuk mengelilingi enzim, sehingga meningkatkan Km.

  3. Jika pH berubah Km, apakah ini cara menentukan nilai Km dari nilai pH yang berbeda jika nilai Km pada pH lain sudah diketahui? Saya tahu bahwa aktivitas spesifik dan konstanta Michaelis berbeda, tetapi berapa banyak produk yang dapat dikonversi per menit tergantung pada seberapa banyak enzim suka mengikat substrat, yang diwakili oleh konstanta Michaelis. Apakah penalaran dan perhitungan saya sampai pada kesimpulan yang benar? Jika tidak, bagaimana perhitungannya?


Dari turunan kinetika Michaelis-Menten Anda dapat melihat bahwa:

$$K_m=frac{k_f + k_{cat}}{k_r}$$

Di mana $k_f$ dan $k_r$ adalah konstanta laju pengikatan dan pelepasan ikatan (untuk pengikatan Substrat Enzim), masing-masing, dan $k_{cat}$ adalah angka turnover. Ini untuk pendekatan Quasi-Steady-State (QSSA). Untuk pendekatan kesetimbangan:

$$K_m=frac{k_f}{k_r}$$ yang sama dengan konstanta asosiasi.

Dalam kedua kasus, pH dapat mempengaruhi laju pengikatan dan pelepasan dengan mempengaruhi afinitas antara enzim dan substrat. Misalnya mari kita asumsikan bahwa situs pengikatan substrat bermuatan negatif. PH rendah akan meningkatkan potensi elektrostatik situs pengikatan substrat menuju nol dengan mempengaruhi ionisasi gugus fungsi.

pH juga dapat memiliki efek tidak langsung pada situs pengikatan substrat karena dapat mengubah keseluruhan struktur protein.

Banyak reaksi yang dikatalisis enzim melibatkan katalisis asam-basa yaitu ada transfer proton. Dalam reaksi seperti ini, pH dapat memengaruhi $k_{cat}$.

Jika pH berubah Km, apakah ini cara menentukan nilai Km dari nilai pH yang berbeda jika nilai Km pada pH lain sudah diketahui?

Anda dapat melakukannya dengan membuat plot Lineweaver-Burk untuk pH yang berubah.


Tonton videonya: K301 Asam Basa: Tingkat Keasaman dan pH (Februari 2023).