Informasi

1.17: Struktur Protein - Biologi

1.17: Struktur Protein - Biologi


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Struktur Asam Amino

Asam amino adalah monomer yang menyusun protein. Untuk pengenalan tambahan tentang asam amino, klik di sini untuk video pendek (4 menit).

Asam amino memiliki karbon asimetris pusat di mana gugus amino, gugus karboksil, atom hidrogen, dan rantai samping (gugus R) terikat. Atribusi: Marc T. Facciotti (karya sendiri)

Kemungkinan diskusi:

Ingatlah bahwa salah satu tujuan pembelajaran untuk kelas ini adalah agar Anda (a) dapat mengenali, dalam diagram molekuler, tulang punggung asam amino dan rantai sampingnya (gugus R) dan (b) Anda dapat menggambar asam amino generik. Pastikan Anda berlatih keduanya. Anda harus dapat membuat ulang sesuatu seperti gambar di atas dari ingatan (penggunaan yang baik dari buku sketsa Anda adalah berlatih menggambar struktur ini sampai Anda dapat melakukannya dengan tongkat buku atau internet).

Tulang punggung protein

Nama "asam amino" berasal dari fakta bahwa semua asam amino bebas mengandung gugus amino dan gugus asam karboksilat. Ini akan digunakan untuk membuat ikatan peptida antara asam amino dalam protein (hanya gugus amino di awal ("N terminus") dan gugus karboksil di akhir (C terminus) akan tetap berada di polipeptida (= protein) Ada 20 asam amino yang dikodekan secara genetik tersedia untuk sel untuk membangun protein dan semua ini mengandung urutan inti yang sama:

N-C-C-

di mana yang pertama ("alfa") C akan selalu membawa gugus R dan yang kedua akan memiliki ikatan rangkap (keton) dengan oksigen. Asam amino disusun dalam satu baris - tidak ada cabang. Saat melihat rantai asam amino, selalu membantu untuk mengarahkan diri Anda terlebih dahulu dengan menemukan pola tulang punggung ini mulai dari ujung N sampai ujung C. Ketika kita menulis urutan protein, kita akan: selalu tulis dari "N ke C".

Pembentukan ikatan peptida adalah reaksi kondensasi. Gugus karboksil dari asam amino pertama dihubungkan dengan gugus amino dari asam amino kedua yang masuk. Dalam prosesnya, molekul air dilepaskan dan ikatan peptida terbentuk. Coba temukan tulang punggung di dipeptida yang terbentuk dari reaksi ini. Pola yang Anda cari adalah: N-C-C-N-C-C

Urutan dan jumlah asam amino pada akhirnya menentukan bentuk, ukuran, dan fungsi protein. Setiap asam amino terikat pada asam amino lain melalui ikatan kovalen, yang dikenal sebagai a . ikatan peptida, yang dibentuk oleh reaksi sintesis dehidrasi (= kondensasi). Gugus karboksil dari satu asam amino dan gugus amino dari asam amino yang masuk bergabung, melepaskan molekul air dan menciptakan ikatan peptida.

Gugus R Asam Amino

Asam amino grup R adalah istilah yang mengacu pada kelompok variabel pada setiap asam amino. Tulang punggung asam amino identik pada semua asam amino (walaupun prolin agak aneh, periksalah), dan gugus R berbeda pada semua asam amino. Untuk struktur masing-masing asam amino lihat gambar di bawah ini.

Ada 20 asam amino umum yang ditemukan dalam protein, masing-masing dengan gugus R (gugus varian) berbeda yang menentukan sifat kimianya. R-kelompok dilingkari di teal. Biaya ditetapkan dengan asumsi pH ~6.0. Nama lengkap, singkatan tiga huruf, dan singkatan satu huruf semuanya ditampilkan. Facciotti (karya sendiri)

Catatan:

Kemungkinan Diskusi: Mari kita pikirkan tentang relevansi memiliki 20 asam amino yang berbeda. Jika Anda menggunakan biologi untuk membangun protein dari awal, apa gunanya jika Anda memiliki 10 protein lagi? tambahan asam amino yang Anda inginkan? Omong-omong, ini sebenarnya terjadi di berbagai laboratorium penelitian - mengapa ini berpotensi berguna?

Setiap kelompok variabel pada asam amino memberikan sifat kimia tertentu asam amino (asam, basa, polar, atau nonpolar). Ini memberikan masing-masing asam amino gugus R sifat kimia yang berbeda.

Misalnya, asam amino seperti valin, metionin, dan alanin biasanya bersifat nonpolar atau hidrofobik, sedangkan asam amino seperti serin dan treonin bersifat polar dan memiliki rantai samping hidrofilik.

Catatan:

Praktek: Dengan menggunakan pengetahuan Anda tentang gugus fungsi, coba klasifikasikan setiap asam amino pada gambar di atas sebagai yang cenderung polar atau nonpolar. Cobalah untuk menemukan skema klasifikasi lain dan pikirkan untuk membuat daftar sendiri dari asam amino yang akan Anda masukkan ke dalam setiap kelompok. Anda juga dapat mencari skema klasifikasi asam amino di internet - Anda akan melihat bahwa ada berbagai cara untuk mengelompokkan bahan kimia ini berdasarkan sifat kimianya. Anda bahkan mungkin menemukan bahwa ada skema yang kontradiktif. Coba pikirkan mengapa ini bisa terjadi dan terapkan logika kimia Anda untuk mencari tahu mengapa skema klasifikasi tertentu diadopsi dan mengapa asam amino tertentu ditempatkan dalam kelompok tertentu.

Lipat dan Struktur Protein

Untuk memahami bagaimana protein mendapatkan bentuk atau konformasi akhir, kita perlu memahami empat tingkat struktur protein: primer, sekunder, tersier, dan kuaterner. Untuk video pengenalan singkat (4 menit) tentang struktur protein klik di sini.

Struktur Utama

Urutan unik asam amino dalam rantai polipeptida adalah struktur utama. Urutan linier asam amino dalam rantai polipeptida disatukan oleh ikatan peptida dan menghasilkan tulang punggung berpola N-C-C-N-C-C. Struktur utama dikodekan dalam DNA, sebuah proses yang akan Anda pelajari dalam modul Transkripsi dan Terjemahan.

Ikatan peptida antara dua asam amino digambarkan. Segi empat yang diarsir mewakili sifat planar dari ikatan ini. Yang kami maksud dengan "planar" adalah bahwa 2 karbon alfa, nitrogen, serta karbon dan oksigen yang terkait dengan ikatan peptida semuanya terletak pada satu bidang (ikatan peptida tahan terhadap puntiran). Namun, setiap asam amino dapat memutar relatif terhadap asam amino berikutnya antara karbon C alfa dan C. Facciotti (karya sendiri)

Struktur utama protein digambarkan di sini sebagai "manik-manik pada tali" dengan ujung N dan ujung C berlabel. Urutan pembacaan rantai peptida ini akan dimulai dengan N-terminus sebagai Glycine, Isoleucine, dll dan diakhiri dengan metionin.
Sumber: Erin Easlon (karya sendiri)

Struktur sekunder

Lipatan lokal polipeptida di beberapa daerah menimbulkan struktur sekunder dari protein. Bentuk paling umum yang dibuat oleh pelipatan sekunder adalah: α-spiral dan β-lembar berlipit struktur. Struktur sekunder ini disatukan oleh ikatan hidrogen yang terbentuk di antara tulang punggung asam amino yang berdekatan satu sama lain. Lebih khusus lagi, atom oksigen pada gugus karboksil dari satu asam amino dapat membentuk ikatan hidrogen dengan atom hidrogen yang terikat pada nitrogen pada gugus amino asam amino lain. Dalam heliks alfa, asam amino yang bermitra ini selalu empat asam amino lebih jauh di sepanjang rantai. Ikatan hidrogen dalam heliks alfa menstabilkan pembentukan silinder asam amino yang kaku. Dalam lembar lipit beta (ditunjukkan di bawah) pasangan ikatan hidrogen mungkin sangat jauh satu sama lain dalam struktur utama protein (yaitu, asam amino ke-15 dan ke-100 dalam rantai) tetapi struktur sekunder menahan asam amino ini di kedekatan satu sama lain.

Latihan: Perhatikan bahwa dalam struktur lembaran lipit beta yang digambar di bawah satu rantai ditarik ke arah N ke C sementara yang lain ditarik C ke N (berhentilah untuk mencoba mencari tahu apa yang saya maksud dengan ini, dan untai mana yang ditarik cara yang mana- ini adalah latihan yang bagus). Lembaran lipit beta dapat dibentuk baik melalui antiparalel atau penyelarasan paralel rantai peptida, meskipun struktur sebelumnya lebih stabil.

Lembaran -helix dan -pleated adalah struktur sekunder protein yang terbentuk karena ikatan hidrogen antara gugus karbonil dan amino dalam tulang punggung peptida. Meskipun interaksi yang ditarik semuanya antara atom-atom tulang punggung, urutan asam amino tertentu memiliki kecenderungan untuk mengganggu -heliks, sementara yang lain memiliki kecenderungan untuk mengganggu lembaran -lipat.

Struktur Tersier

Struktur tiga dimensi yang unik dari polipeptida adalah struktur tersier. Struktur ini sebagian karena interaksi kimia yang bekerja pada rantai polipeptida. Terutama, interaksi antara kelompok R menciptakan struktur tersier tiga dimensi yang kompleks dari protein. Sifat gugus R yang ditemukan dalam asam amino yang terlibat dapat melawan pembentukan ikatan hidrogen yang dijelaskan untuk struktur sekunder standar. Sebagai contoh, gugus R dengan muatan yang sama akan saling tolak menolak dan gugus R dengan muatan yang berbeda akan saling tarik-menarik (ikatan ion). Ketika pelipatan protein terjadi (dalam kompartemen berair), gugus R hidrofobik dari asam amino nonpolar akan mengelompok bersama di bagian dalam protein, sedangkan gugus R hidrofilik terletak di bagian luar. Jenis interaksi ini dikenal sebagai interaksi hidrofobik. Interaksi antara rantai samping sistein dapat membentuk ikatan disulfida dengan adanya oksigen, ini adalah hanya ikatan kovalen yang secara khusus menstabilkan struktur tersier. Seperti yang Anda ingat, ikatan kovalen sekitar 10x lebih kuat dari ikatan hidrogen atau ion dalam lingkungan berair. Jadi ikatan disufida dapat membuat struktur tersier protein lebih tahan terhadap pengaruh denaturasi seperti panas atau garam.

Struktur tersier protein ditentukan oleh berbagai interaksi kimia. Ini termasuk interaksi hidrofobik, ikatan ion, ikatan hidrogen dan hubungan disulfida. Gambar ini menunjukkan representasi datar dari protein yang terlipat dalam struktur tersier. Tanpa perataan, protein ini akan menjadi bentuk 3D globular.

Semua interaksi ini, lemah dan kuat, menentukan bentuk tiga dimensi akhir dari protein. Ketika protein kehilangan bentuk tiga dimensinya, ia mungkin tidak lagi berfungsi. Namun, beberapa protein kecil, dengan ikatan disulfida yang terbentuk, dapat melipat kembali bahkan setelah direbus. Ini karena ikatan disulfida (terbentuk selama pelipatan awal protein, selama sintesisnya), mengurangi jumlah kemungkinan cara untuk "salah lipatan".

Struktur Kuarter

Di alam, beberapa protein terbentuk dari beberapa protein, juga dikenal sebagai subunit, dan interaksi subunit ini membentuk struktur kuartener. Interaksi yang lemah antara subunit membantu menstabilkan struktur keseluruhan. Misalnya, hemoglobin terdiri dari dua subunit, yang dikodekan oleh gen alfa dan betaglobin. Kompleks protein ini juga membawa gugus prostetik hemoglobin. Struktur multi-subunit kompleks protein ini memberikan karakteristik pengaturan yang tidak dimiliki oleh sepupu subunit tunggalnya, mioglobin.

Empat tingkat struktur protein dapat diamati dalam ilustrasi ini.
Sumber: modifikasi karya National Human Genome Research Institute

Denaturasi dan Lipatan Protein

Mengingat bahwa peran protein adalah untuk mengambil bentuk tertentu yang akan memfasilitasi proses tertentu, semua tingkat struktur protein (primer hingga kuaterner) sangat penting untuk fungsi protein. Kami memahami bagaimana struktur primer terbentuk (susunan linier asam amino dikodekan dalam susunan linier basa dalam DNA- selebihnya adalah masalah transkripsi dan translasi). Kita juga tahu bagaimana struktur sekunder merakit diri, dan dapat memprediksi struktur ini dengan tingkat keyakinan tertentu, berdasarkan urutan primer asam amino. Namun, pemahaman kita tentang pembentukan struktur tersier masih dalam proses. Pikirkan tentang ini- protein dapat berputar di antara setiap asam amino dan mungkin ada ratusan asam amino dalam protein, menghasilkan sejumlah besar kemungkinan bentuk, bahkan mengingat kekakuan relatif dari heliks alfa dan lembaran beta. Awalnya dianggap bahwa protein itu sendiri bertanggung jawab atas proses pelipatan; bahwa mereka hanya akan melipat ke dalam struktur energi potensial terendah (walaupun menemukan struktur ini melalui pelipatan acak mungkin membutuhkan waktu yang sangat lama (beberapa miliar tahun), dan protein mungkin "terjebak" dalam struktur semi-stabil tetapi salah). Namun, kami telah menemukan bahwa banyak protein menerima bantuan dalam proses pelipatan dari pembantu protein yang dikenal sebagai pendamping (atau chaperonin) yang berasosiasi dengan protein target selama proses translasi dan folding. Mereka bertindak dengan mencegah agregasi acak dari rantai asam amino yang membentuk struktur protein lengkap, sehingga membatasi jumlah pilihan yang tersedia untuk pelipatan acak. Mereka memisahkan diri dari protein setelah terlipat.

Setiap protein memiliki urutan dan bentuk uniknya sendiri yang disatukan oleh interaksi kimia. Jika protein mengalami perubahan suhu, pH, atau paparan bahan kimia, struktur protein dapat berubah, kehilangan bentuknya tanpa kehilangan urutan utamanya. Proses ini dikenal sebagai denaturasi. Denaturasi adalah kadang-kadang reversibel karena struktur utama polipeptida dipertahankan dalam proses - hanya struktur orde tinggi yang hilang. Protein yang sangat pendek atau, seperti disebutkan di atas, protein yang distabilkan oleh banyak ikatan kovalen disulfida mungkin dapat melipat kembali secara efektif dan mendapatkan kembali fungsinya. Umumnya, bagaimanapun, denaturasi bersifat ireversibel, yang menyebabkan hilangnya fungsi secara permanen. Salah satu contoh denaturasi protein ireversibel adalah ketika telur direbus. Protein albumin dalam putih telur cair terurai ketika dipanaskan, karena ikatan hidrogen dan ion yang menstabilkan struktur urutan yang lebih tinggi berantakan. Ketika didinginkan, interaksi ini berlanjut, tetapi antara pasangan yang berbeda, menghasilkan struktur tersier yang stabil tetapi salah. Tidak semua protein didenaturasi pada suhu tinggi; misalnya, bakteri yang bertahan hidup di sumber air panas memiliki protein yang berfungsi pada suhu mendekati titik didih. Lambung juga sangat asam, memiliki pH rendah, dan mendenaturasi protein sebagai bagian dari proses pencernaan; namun, enzim pencernaan lambung mempertahankan aktivitasnya dalam kondisi ini.

Pertanyaan:

Bagaimana protein ini (pada bakteri ekstrimofil, dan di perut) menstabilkan struktur tingkat tinggi mereka?


1.17: Struktur Protein - Biologi

Cuplikan Data Eksperimental

  • Metode: DIfraksi sinar-X
  • Resolusi: 1.17
  • R-Nilai Gratis: 0.191 
  • Pekerjaan Nilai-R: 0.162 
  • Nilai-R yang Diamati: 0.164 

Validasi wwPDB   Laporan 3D Laporan Lengkap

Pembentukan ribonukleokapsid dari coronavirus sindrom pernafasan akut yang parah melalui aksi molekuler domain N-terminal dari protein N.

(2007) J Virol 81: 3913-3921

  • PubMed: 17229691  Cari di PubMedSearch di PubMed Central
  • DOI: 10.1128/JVI.02236-06
  • Kutipan Utama dari Struktur Terkait:  
    2OFZ, 2OG3
  • Abstrak PubMed: 

Di antara semua virus corona yang terlestarikan adalah empat protein struktural: protein matriks (M), amplop kecil (E), dan spike (S) yang tertanam dalam membran virus dan nukleokapsid fosfoprotein (N), yang ada dalam kompleks ribonukleoprotein di lumen.

Di antara semua virus corona yang terlestarikan adalah empat protein struktural: protein matriks (M), amplop kecil (E), dan spike (S) yang tertanam dalam membran virus dan nukleokapsid fosfoprotein (N), yang ada dalam kompleks ribonukleoprotein di lumen. Domain terminal-N dari protein N koronaviral (N-NTD) menyediakan perancah untuk pengikatan RNA, sedangkan domain terminal-C (N-CTD) terutama bertindak sebagai modul oligomerisasi selama perakitan. Ujung C dari protein N mengikatnya ke membran virus dengan berasosiasi dengan protein M. Kami mengkarakterisasi struktur N-NTD dari coronavirus sindrom pernafasan akut yang parah (SARS-CoV) dalam dua bentuk kristal, masing-masing pada 1,17 A (monoklinik) dan pada 1,85 A (kubik), diselesaikan dengan penggantian molekul menggunakan bronkitis infeksi unggas homolog struktur virus (IBV). Loop fleksibel dalam struktur solusi SARS-CoV N-NTD sekarang terbukti tertata dengan baik di sekitar inti lembar beta. Jepit rambut beta bermuatan positif yang penting secara fungsional menonjol keluar dari inti, berorientasi serupa dengan yang ada di IBV N-NTD, dan terlibat dalam pengemasan kristal dalam bentuk monoklinik. Dalam bentuk kubik, monomer membentuk unit trimerik yang bertumpuk dalam susunan heliks. Perbandingan pengemasan kristal SARS-CoV dan IBV N-NTD menunjukkan mode pengenalan RNA yang umum, tetapi mereka mungkin berasosiasi secara berbeda secara in vivo selama pembentukan kompleks ribonukleoprotein. Distribusi potensial elektrostatik pada permukaan model homologi N-NTD koronaviral terkait menunjukkan bahwa mereka menggunakan mode yang berbeda dari pengenalan RNA dan perakitan oligomer, mungkin menjelaskan mengapa nukleokapsid mereka memiliki morfologi yang berbeda.

Afiliasi Organisasi

Departemen Biologi Sel, 10550 N. Torrey Pines Rd., CB265, Lembaga Penelitian Scripps, La Jolla, CA 92037, AS.


Globin dan Protein Nitric Oxide-Reactive Lainnya, Bagian B

M.Brunori, . B. Vallone , dalam Metode dalam Enzimologi , 2008

Abstrak

Struktur protein diberkahi dengan sifat dinamis yang kompleks, yang mengatur fungsi dan mengontrol aktivitas. Penyelidikan eksperimental yang menghasilkan informasi tentang dinamika protein dilakukan dalam larutan namun, dalam banyak kasus, penentuan struktur protein dilakukan dengan kristalografi yang bergantung pada sifat difraksi sejumlah besar molekul, dalam konformasi yang kira-kira sama, disusun dalam kisi tiga dimensi. Mioglobin, mungkin protein yang paling lengkap dicirikan, telah memungkinkan perumusan prinsip-prinsip umum di bidang korelasi struktur-fungsi protein dan, sejak akhir 1990-an, telah dimungkinkan untuk memperoleh secara langsung beberapa wawasan tentang perilaku dinamis kompleks mioglobin dan lainnya. protein dengan difraksi Laue. Bab ini menjelaskan beberapa fitur teknologi yang terlibat dalam memperoleh data yang dapat diandalkan dengan kristalografi Laue yang diselesaikan dengan waktu, dengan resolusi waktu subnanosecond. Sebuah sinopsis dari temuan yang lebih signifikan yang diperoleh dengan fotolisis laser kristal mioglobin-CO juga disajikan, menekankan aspek yang lebih umum dari dinamika yang relevan dengan lanskap energi kompleks protein.


(1). Struktur Utama

HAI Struktur primer protein memberikan rincian urutan asam amino protein.

Struktur utama akan memberi tahu Anda dua hal utama: (i) NS jumlah residu asam amino dalam protein dan (ii) urutan asam amino.

Informasi 'urutan' berisi urutan asam amino yang benar dalam protein mulai dari terminal-N hingga terminal-C.

Struktur primer protein akan menentukan semua tingkat organisasi struktural protein lainnya (sekunder, tersier, dan kuartener).

Struktur utama distabilkan oleh Ikatan Peptida (Ikatan kovalen).

Studi pertama tentang protein yang tidak diketahui adalah penentuan urutannya (penentuan struktur primer).

Protein sekuensing pertama: Insulin oleh Frederick Sanger.

Struktur Utama Insulin

Pentingnya Struktur Primer:

Struktur utama protein akan memberikan wawasan tentang:

(A). Tiga dimensi (3D) struktur

(B). Fungsi dari protein

(C). Seluler lokasi

(D). Evolusi dari protein

Data struktur primer dapat digunakan untuk pencarian urutan dari database protein.

Struktur Tiga Dimensi Protein

Tulang punggung protein mengandung ratusan individu obligasi.

Rotasi bebas dimungkinkan di sekitar banyak ikatan ini.

Rotasi bebas memungkinkan jumlah konformasi yang tidak terbatas di sekitar ikatan ini.

Namun, setiap protein memiliki spesifik (unik) konformasi struktural.

Formasi struktural protein yang unik ini disebut struktur 3D.

Susunan spasial atom dalam protein disebut 'konformasi’.

Protein dalam fungsinya, konformasi terlipat disebut protein asli.

Konformasi protein terutama distabilkan oleh interaksi lemah seperti ikatan hidrogen, interaksi hidrofilik, interaksi hidrofobik dll.

Interaksi yang lemah ini dapat dengan mudah terdistorsi dengan pengeluaran energi yang lebih sedikit.

Protein mungkin memiliki tiga tingkat Organisasi Tiga Dimensi (3D). Mereka:

Struktur sekunder

Struktur tersier

Struktur kuarter

(2). Struktur Sekunder

Struktur sekunder adalah konformasi lokal khusus dari beberapa bagian rantai polipeptida.

Ini adalah pola lipat dari tulang punggung polipeptida biasa.

Berbagai jenis struktur sekunder terjadi di alam.

Struktur sekunder distabilkan terutama oleh Ikatan Hidrogen.

Tiga struktur sekunder terpenting dalam protein adalah:

B. -Konformasi (β-pelat)

(A). -Helix

Heliks- adalah struktur sekunder yang paling umum.

Mereka adalah struktur reguler yang berulang setiap 5.4 .

Ini adalah susunan paling sederhana dari rantai polipeptida.

Struktur -heliks protein diusulkan oleh Pauling dan Corey pada tahun 1951.

HAI Tulang punggung polipeptida dililit erat di sekitar sumbu imajiner yang ditarik secara longitudinal melalui tengah heliks, dan gugus R dari residu asam amino menonjol keluar dari tulang punggung heliks.

HAI Nada heliks: Unit berulang dari heliks.

Pitch adalah satu putaran heliks yang memanjang sekitar 5.4 .

Setiap putaran heliks dalam -helix berisi 3.6 asam amino.

Putaran heliks -helix di semua protein adalah Pengguna tangan kanan.

Heliks distabilkan oleh ikatan hidrogen.

Heliks sangat umum dalam protein karena memanfaatkan ikatan hidrogen internal secara optimal.

Ikatan hidrogen terbentuk antara hidrogen yang terikat pada atom nitrogen elektronegatif dari ikatan peptida dan atom oksigen karbonil elektronegatif dari asam amino keempat pada sisi terminal amino dari ikatan peptida.

Dalam -helix, setiap ikatan peptida berpartisipasi dalam ikatan hidrogen.

Semua ikatan hidrogen bersama-sama memberikan stabilitas yang cukup besar pada -heliks.

Semua polipeptida tidak dapat membentuk sable -helix.

Interaksi antara rantai samping asam amino dapat menstabilkan atau mengacaukan -helix.

Misalnya, jika rantai polipeptida memiliki residu Asam Glutamat yang panjang, segmen rantai ini tidak akan membentuk -heliks.

Gugus karboksil bermuatan negatif dari residu Glu yang berdekatan saling tolak kuat sehingga mencegah pembentukan -helix.

Demikian pula, polipeptida kaya prolin tidak akan membentuk -heliks.

Dalam prolin, atom nitrogen adalah bagian dari cincin kaku dan rotasi tentang N – Cα ikatan TIDAK mungkin.

Jadi prolin memperkenalkan destabilisasi berbelit dalam polipeptida dan karenanya prolin sangat jarang ditemukan di -helix.

-Konformasi (β-Pelat)

Konformasi atau pelat mengatur rantai polipeptida menjadi lembaran.

Konformasi adalah diperpanjang bentuk rantai polipeptida.

Di sini tulang punggung polipeptida diperpanjang menjadi a zigzag struktur.

Rantai polipeptida zigzag dapat diatur berdampingan untuk membentuk struktur yang menyerupai serangkaian lipatan yang disebut -sheets.

Di sini juga struktur distabilkan oleh ikatan hidrogen.

Namun, tidak seperti -helix, ikatan hidrogen terbentuk antara segmen rantai yang berdekatan.

Gugus-R dari asam amino yang berdekatan menonjol dari struktur zigzag ke arah yang berlawanan menciptakan pola yang bergantian.

Rantai polipeptida dalam lembaran- dapat disusun secara paralel (berarah sama) atau anti-paralel (berlawanan arah).

Berdasarkan ini -Plat diklasifikasikan menjadi dua jenis: (diagram)

(a) Pelat anti-paralel

(b) Pelat Paralel

Putaran sangat umum terjadi pada protein, di mana peptida membuat putaran atau putaran (peptida membuat arah sebaliknya).

Dalam protein globular, hampir sepertiga dari residu asam amino berada di putaran.

Putaran adalah elemen penghubung yang menghubungkan rantai polipeptida yang berjalan berurutan.

Putaran menghubungkan ujung dua segmen yang berdekatan dari lembaran anti-paralel.

Struktur putaran- adalah 180º putaran melibatkan empat residu asam amino

Oksigen karbonil dari residu pertama membentuk ikatan hidrogen dengan gugus amino hidrogen dari asam amino keempat secara bergantian.

Glycine (Gly) dan Proline (Pro) berada sering terjadi pada -turns.

Glisin karena ukurannya yang sangat kecil (gugus R adalah – H) memungkinkan putaran.

Prolin adalah asam imino dengan rantai samping yang terikat secara kovalen dengan gugus amino.

Residu prolin dalam ikatan peptida mengasumsikan 'cis' konfigurasi.

The 'cis' konformasi sangat setuju untuk belokan ketat.

Ada beberapa tipe lilitan dengan tipe I dan tipe II yang paling umum.

Putaran tipe I ditemukan lebih dari dua kali frekuensi tipe II.

Pada tipe II, residu ketiga akan selalu menjadi residu Glycine.

(3). Protein Struktur Tersier

Struktur tersier: Susunan tiga dimensi keseluruhan dari semua atom dalam protein disebut sebagai struktur tersier.

Struktur tersier akan memiliki satu polipeptida “tulang punggung” dengan satu atau lebih struktur sekunder.

Struktur tersier didefinisikan oleh koordinat atom.

Struktur tersier dalam protein distabilkan oleh ikatan kovalen dan non-kovalen.

Ikatan kovalen: Ikatan disulfida (antara dua residu Cys)

Interaksi non-kovalen: Interaksi ionik (tarik elektrostatik), interaksi hidrofilik, interaksi van der Waals.

Istilah ‘Domain' digunakan untuk menunjukkan satu unit fungsional protein.

Sebuah protein mungkin memiliki banyak domain dengan fungsi tertentu.

Protein dengan subunit tunggal hanya memiliki struktur tersier.

(4). Struktur Kuarter

Mayoritas protein fungsional mengandung lebih dari satu rantai polipeptida dan protein semacam itu dikatakan sebagai oligomer.

Setiap peptida membentuk a sub-unit atau monomer atau protomer.

Struktur Kuarter: Susunan monomer protein dalam kompleks tiga dimensi dalam protein multi-subunit disebut struktur kuartener.

Agar protein memiliki struktur kuartener, protein harus memenuhi dua kondisi:

Harus memiliki lebih dari satu subunit polipeptida

Seharusnya tidak ada interaksi permanen (kovalen) antara subunit (seperti ikatan disulfida).

Insulin tidak memiliki struktur kuartener meskipun mengandung dua subunit.

Dua polipeptida dalam insulin secara kovalen dihubungkan dengan dua ikatan disulfida.

Dengan demikian, insulin dapat memiliki struktur hingga tersier (bukan struktur kuartener).

Ikatan menstabilkan struktur kuaterner: ikatan hidrogen, interaksi hidrofilik, interaksi hidrofobik, interaksi van der Waals.

Nelson, D.L., Lehninger, A.L. dan Cox, M.M., 2008. Prinsip Biokimia Lehninger. Macmillan.

Belajar Offline (Tanpa Internet)

Sekarang kamu bisa Unduh NS PDF dari Postingan ini Benar-benar Gratis!

Silahkan klik Unduh Tautan / Tombol di bawah ini untuk Menyimpan posting sebagai file PDF Tunggal. File PDF akan dibuka di jendela baru di browser itu sendiri. Klik kanan pada PDF dan pilih ‘Simpan Sebagai‘ opsi untuk menyimpan file ke komputer Anda.

Tolong Bagikan PDFnya dengan Teman, Kerabat, Siswa, dan Kolega Anda…

Apakah Anda memiliki Pertanyaan?
Silakan tinggalkan saya di Bagian Komentar di bawah.
Saya akan Senang Membaca Komentar Anda dan Membalas.


Isi

Di layar untuk gen yang terlibat dalam apoptosis, Yasumasa Ishida, Tasuku Honjo dan rekan di Universitas Kyoto pada tahun 1992 ditemukan dan diberi nama PD-1. [11] [12] Pada tahun 1999, kelompok yang sama menunjukkan bahwa tikus di mana PD-1 dirobohkan rentan terhadap penyakit autoimun dan karenanya menyimpulkan bahwa PD-1 adalah regulator negatif dari respon imun. [12]

PD-1 adalah protein membran tipe I dari 288 asam amino. PD-1 adalah anggota dari keluarga regulator sel T CD28/CTLA-4 yang diperluas. [11] Struktur protein mencakup domain IgV ekstraseluler diikuti oleh daerah transmembran dan ekor intraseluler. Ekor intraseluler mengandung dua situs fosforilasi yang terletak di motif penghambatan berbasis tirosin imunoreseptor dan motif sakelar berbasis tirosin imunoreseptor, yang menunjukkan bahwa PD-1 secara negatif mengatur sinyal TCR reseptor sel T. [11] [13] Hal ini konsisten dengan pengikatan fosfatase SHP-1 dan SHP-2 ke ekor sitoplasma PD-1 pada pengikatan ligan. Selain itu, ligasi PD-1 mengatur up-regulate E3-ubiquitin ligase CBL-b dan c-CBL yang memicu down-modulation reseptor sel T. [14] PD-1 diekspresikan pada permukaan sel T teraktivasi, sel B, dan makrofag, [15] menunjukkan bahwa dibandingkan dengan CTLA-4, PD-1 lebih luas secara negatif mengatur respon imun.

PD-1 memiliki dua ligan, PD-L1 dan PD-L2, yang merupakan anggota dari keluarga B7. [16] [17] Protein PD-L1 diregulasi pada makrofag dan sel dendritik (DC) sebagai respons terhadap pengobatan LPS dan GM-CSF, dan pada sel T dan sel B pada pensinyalan reseptor sel TCR dan B, sedangkan pada tikus yang beristirahat, PD-L1 mRNA dapat dideteksi di jantung, paru-paru, timus, limpa, dan ginjal. [16] [18] PD-L1 diekspresikan pada hampir semua lini sel tumor murine, termasuk PA1 myeloma, P815 mastositoma, dan melanoma B16 pada pengobatan dengan IFN-γ. [19] [20] Ekspresi PD-L2 lebih terbatas dan diekspresikan terutama oleh DC dan beberapa garis tumor. [17]

Beberapa bukti menunjukkan bahwa PD-1 dan ligannya secara negatif mengatur respon imun. Tikus knockout PD-1 telah terbukti mengembangkan glomerulonefritis mirip lupus dan kardiomiopati dilatasi pada latar belakang C57BL/6 dan BALB/c, masing-masing. [21] [22] In vitro, pengobatan sel T terstimulasi anti-CD3 dengan PD-L1-Ig menghasilkan penurunan proliferasi sel T dan sekresi IFN-γ. [16] IFN-γ adalah sitokin pro-inflamasi kunci yang mempromosikan aktivitas inflamasi sel T. Proliferasi sel T yang berkurang juga berkorelasi dengan sekresi IL-2 yang dilemahkan dan bersama-sama, data ini menunjukkan bahwa PD-1 secara negatif mengatur respons sel T. [23]

Eksperimen menggunakan DC yang ditransfeksi PD-L1 dan PD-1 yang mengekspresikan sel CD4 + dan CD8 + transgenik (Tg) menunjukkan bahwa sel CD8 + T lebih rentan terhadap penghambatan oleh PD-L1, meskipun ini dapat bergantung pada kekuatan pensinyalan TCR . Konsisten dengan peran dalam mengatur secara negatif tanggapan sel CD8 + T, menggunakan model vektor virus LCMV dari infeksi kronis, kelompok Rafi Ahmed menunjukkan bahwa interaksi PD-1-PD-L1 menghambat aktivasi, perluasan dan perolehan fungsi efektor dari CD8 spesifik virus. + Sel T, yang dapat dibalik dengan memblokir interaksi PD-1-PD-L1. [24]

Ekspresi PD-L1 pada sel tumor menghambat aktivitas antitumor melalui keterlibatan PD-1 pada sel T efektor. [19] [20] Ekspresi PD-L1 pada tumor berkorelasi dengan berkurangnya kelangsungan hidup pada kanker esofagus, pankreas dan jenis kanker lainnya, menyoroti jalur ini sebagai target untuk imunoterapi. [5] [25] Memicu PD-1, diekspresikan pada monosit dan diatur ke atas pada aktivasi monosit, oleh ligannya PD-L1 menginduksi produksi IL-10 yang menghambat fungsi sel T CD4. [26]

Pada tikus, ekspresi gen ini diinduksi dalam timus ketika antibodi anti-CD3 disuntikkan dan sejumlah besar timosit mengalami apoptosis. Tikus yang kekurangan gen ini dibiakkan dengan latar belakang BALB/c mengembangkan kardiomiopati dilatasi dan meninggal karena gagal jantung kongestif. Studi-studi ini menunjukkan bahwa produk gen ini mungkin juga penting dalam fungsi sel T dan berkontribusi pada pencegahan penyakit autoimun. [10]

Ekspresi berlebihan PD1 pada sel T CD8+ adalah salah satu indikator kelelahan sel T (misalnya pada infeksi kronis atau kanker). [5] [27]

Kanker Sunting

PD-L1, ligan untuk PD1, sangat diekspresikan pada beberapa kanker dan karenanya peran PD1 dalam penghindaran imun kanker sudah mapan. [28] [29] [5] Antibodi monoklonal yang menargetkan PD-1 yang meningkatkan sistem kekebalan sedang dikembangkan untuk pengobatan kanker. [5] [30] Banyak sel tumor mengekspresikan PD-L1, penghambatan ligan PD-1 imunosupresif dari interaksi antara PD-1 dan PD-L1 dapat meningkatkan respons sel T in vitro dan memediasi aktivitas antitumor praklinis. Ini dikenal sebagai blokade pos pemeriksaan kekebalan.

Terapi kombinasi menggunakan kedua anti-PD1 bersama dengan terapi anti-CTLA4 telah muncul sebagai pengobatan tumor penting dalam bidang penghambatan pos pemeriksaan.

A combination of PD1 and CTLA4 antibodies has been shown to be more effective than either antibody alone in the treatment of a variety of cancers. The effects of the two antibodies do not appear to be redundant. [5] [31] [32] [33] Anti-CTLA4 treatment leads to an enhanced antigen specific T cell dependent immune reaction while anti-PD-1 appears to reactivate CD8+ T cells ability to lyse cancer cells. [5] [34] [35]

In clinical trials, combination therapy has been shown to be effective in reducing tumor size in patients that are unresponsive to single co-inhibitory blockade, despite increasing levels of toxicity due to anti-CTLA4 treatment. [36] A combination of PD1 and CTLA4 induced up to a ten-fold higher number of CD8+ T cells that are actively infiltrating the tumor tissue. [34] The authors hypothesized that the higher levels of CD8+ T cell infiltration was due to anti-CTLA-4 inhibited the conversion of CD4 T cells to T regulator cells and further reduced T regulatory suppression with anti-PD-1. This combination promoted a more robust inflammatory response to the tumor that reduced the size of the cancer. Most recently, the FDA has approved a combination therapy with both anti-CTLA4 (ipilimumab) and anti-PD1 (nivolumab) in October 2015. [37]

The molecular factors and receptors necessary making a tumor receptive to anti-PD1 treatment remains unknown. PDL1 expression on the surface on cancer cells plays a significant role. PDL1 positive tumors were twice as likely to respond to combination treatment. [37] [36] However patients with PDL1 negative tumors also have limited response to anti-PD1, demonstrating that PDL1 expression is not an absolute determinant of the effectiveness of therapy. [37]

Higher mutational burden in the tumor is correlated with a greater effect of the anti-PD-1 treatment. In clinical trials, patients who benefited from anti-PD1 treatment had cancers, such as melanoma, bladder cancer, and gastric cancer, that had a median higher average number of mutations than the patients who did not respond to the therapy. However, the correlation between higher tumor burden and the clinical effectiveness of PD-1 immune blockade is still uncertain. [37]

The 2018 Nobel prize for medicine was awarded to James P Allison and Tasuku Honjo "for their discovery of cancer therapy by inhibition of negative immune regulation".

Anti-PD-1 therapeutics Edit

A number of cancer immunotherapy agents that target the PD-1 receptor have been developed.

One such anti-PD-1 antibody drug, nivolumab, (Opdivo - Bristol-Myers Squibb), produced complete or partial responses in non-small-cell lung cancer, melanoma, and renal-cell cancer, in a clinical trial with a total of 296 patients. [38] Colon and pancreatic cancer did not have a response. Nivolumab (Opdivo, Bristol-Myers Squibb) was approved in Japan in July 2014 and by the US FDA in December 2014 to treat metastatic melanoma.

Pembrolizumab (Keytruda, MK-3475, Merck), which also targets PD-1 receptors, was approved by the FDA in Sept 2014 to treat metastatic melanoma. Pembrolizumab has been made accessible to advanced melanoma patients in the UK via UK Early Access to Medicines Scheme (EAMS) in March 2015. It is being used in clinical trials in the US for lung cancer, lymphoma, and mesothelioma. It has had measured success, with little side effects. [5] It is up to the manufacturer of the drug to submit application to the FDA for approval for use in these diseases. On October 2, 2015 Pembrolizumab was approved by FDA for advanced (metastatic) non-small cell lung cancer (NSCLC) patients whose disease has progressed after other treatments. [39]

Other drugs in early stage development targeting PD-1 receptors (checkpoint inhibitors) are Pidilizumab (CT-011, Cure Tech) , BMS-936559 (Bristol Myers Squibb) and Toripalimab (JS-001, TopAlliance), a humanized IgG4 monoclonal antibody against PD-1. Both Atezolizumab (MPDL3280A, Roche) and Avelumab (Merck KGaA, Darmstadt, Germany & Pfizer) target the similar PD-L1 receptor.

HIV Edit

Drugs targeting PD-1 in combination with other negative immune checkpoint receptors, such as (TIGIT), may augment immune responses and/or facilitate HIV eradication. [40] [41] T lymphocytes exhibit elevated expression of PD-1 in cases of chronic HIV infection. [42] Heightened presence of the PD-1 receptors corresponds to exhaustion of the HIV specific CD8+ cytotoxic and CD4+ helper T cell populations that are vital in combating the virus. Immune blockade of PD-1 resulted in restoration of T cell inflammatory phenotype necessary to combat the progression of disease. [42]

Penyakit Alzheimer Sunting

Blocking of PD-1 leads to a reduction in cerebral amyloid-β plaques and improves cognitive performance in mice. [43] Immune blockade of PD-1 evoked an IFN-γ dependent immune response that recruited monocyte-derived macrophages to the brain that were then capable of clearing the amyloid-β plaques from the tissue. Repeated administrations with anti-PD-1 were found to be necessary to maintain the therapeutic effects of the treatment. Amyloid fibrils are immunosuppressive and this finding has been separately confirmed by examining the effects of the fibrils in neuroinflammatory diseases. [44] [45] [46] PD-1 counteracts the effects of the fibrils by boosting immune activity and triggering an immune pathway that allows for brain repair. [43]

  1. ^ ABCENSG00000276977 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000188389, ENSG00000276977 - Ensembl, May 2017
  2. ^ ABCGRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026285 - Ensembl, May 2017
  3. ^"Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^
  5. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  6. ^ ABCDeFGHSaya
  7. Syn, Nicholas L Teng, Michele W L Mok, Tony S K Soo, Ross A (December 2017). "De-novo and acquired resistance to immune checkpoint targeting". Onkologi Lancet. 18 (12): e731–e741. doi:10.1016/s1470-2045(17)30607-1. PMID29208439.
  8. ^
  9. Francisco LM, Sage PT, Sharpe AH (July 2010). "The PD-1 pathway in tolerance and autoimmunity". Ulasan Imunologis. 236: 219–42. doi:10.1111/j.1600-065X.2010.00923.x. PMC2919275 . PMID20636820.
  10. ^
  11. Fife BT, Pauken KE (January 2011). "The role of the PD-1 pathway in autoimmunity and peripheral tolerance". Sejarah Akademi Ilmu Pengetahuan New York. 1217 (1): 45–59. Bibcode:2011NYASA1217. 45F. doi:10.1111/j.1749-6632.2010.05919.x. PMID21276005. S2CID23843848.
  12. ^
  13. Loftus, Peter (16 Nov 2014). "New Bristol-Myers Drug Helped Skin-Cancer Patients in Trial Live Longer" . Retrieved 24 Nov 2014 .
  14. ^
  15. Shinohara T, Taniwaki M, Ishida Y, Kawaichi M, Honjo T (October 1994). "Structure and chromosomal localization of the human PD-1 gene (PDCD1)". genomik. 23 (3): 704–6. doi:10.1006/geno.1994.1562. PMID7851902.
  16. ^ ABC
  17. "Entrez Gene: PDCD1 programmed cell death 1".
  18. ^ ABC
  19. Ishida Y, Agata Y, Shibahara K, Honjo T (November 1992). "Induced expression of PD-1, a novel member of the immunoglobulin gene superfamily, upon programmed cell death". Jurnal EMBO. 11 (11): 3887–95. doi:10.1002/j.1460-2075.1992.tb05481.x. PMC556898 . PMID1396582.
  20. ^ AB
  21. Bardhan K, Anagnostou T, Boussiotis VA (2016). "The PD1:PD-L1/2 Pathway from Discovery to Clinical Implementation". Frontiers in Immunology. 7: 550. doi:10.3389/fimmu.2016.00550. PMC5149523 . PMID28018338.
  22. ^
  23. Blank C, Mackensen A (May 2007). "Contribution of the PD-L1/PD-1 pathway to T-cell exhaustion: an update on implications for chronic infections and tumor evasion". Cancer Immunology, Immunotherapy. 56 (5): 739–45. doi:10.1007/s00262-006-0272-1. PMID17195077. S2CID11384162.
  24. ^
  25. Karwacz K, Bricogne C, MacDonald D, Arce F, Bennett CL, Collins M, Escors D (October 2011). "PD-L1 co-stimulation contributes to ligand-induced T cell receptor down-modulation on CD8+ T cells". EMBO Molecular Medicine. 3 (10): 581–92. doi:10.1002/emmm.201100165. PMC3191120 . PMID21739608.
  26. ^
  27. Agata Y, Kawasaki A, Nishimura H, Ishida Y, Tsubata T, Yagita H, Honjo T (May 1996). "Expression of the PD-1 antigen on the surface of stimulated mouse T and B lymphocytes". International Immunology. 8 (5): 765–72. doi:10.1093/intimm/8.5.765. PMID8671665.
  28. ^ ABC
  29. Freeman GJ, Long AJ, Iwai Y, Bourque K, Chernova T, Nishimura H, Fitz LJ, Malenkovich N, Okazaki T, Byrne MC, Horton HF, Fouser L, Carter L, Ling V, Bowman MR, Carreno BM, Collins M, Wood CR, Honjo T (October 2000). "Engagement of the PD-1 immunoinhibitory receptor by a novel B7 family member leads to negative regulation of lymphocyte activation". Jurnal Kedokteran Eksperimental. 192 (7): 1027–34. doi:10.1084/jem.192.7.1027. PMC2193311 . PMID11015443.
  30. ^ AB
  31. Latchman Y, Wood CR, Chernova T, Chaudhary D, Borde M, Chernova I, Iwai Y, Long AJ, Brown JA, Nunes R, Greenfield EA, Bourque K, Boussiotis VA, Carter LL, Carreno BM, Malenkovich N, Nishimura H, Okazaki T, Honjo T, Sharpe AH, Freeman GJ (March 2001). "PD-L2 is a second ligand for PD-1 and inhibits T cell activation". Imunologi Alam. 2 (3): 261–8. doi:10.1038/85330. PMID11224527. S2CID27659586.
  32. ^
  33. Yamazaki T, Akiba H, Iwai H, Matsuda H, Aoki M, Tanno Y, Shin T, Tsuchiya H, Pardoll DM, Okumura K, Azuma M, Yagita H (November 2002). "Expression of programmed death 1 ligands by murine T cells and APC". Journal of Immunology. 169 (10): 5538–45. doi: 10.4049/jimmunol.169.10.5538 . PMID12421930.
  34. ^ AB
  35. Iwai Y, Ishida M, Tanaka Y, Okazaki T, Honjo T, Minato N (September 2002). "Involvement of PD-L1 on tumor cells in the escape from host immune system and tumor immunotherapy by PD-L1 blockade". Prosiding National Academy of Sciences Amerika Serikat. 99 (19): 12293–7. Bibcode:2002PNAS. 9912293I. doi:10.1073/pnas.192461099. PMC129438 . PMID12218188.
  36. ^ AB
  37. Blank C, Brown I, Peterson AC, Spiotto M, Iwai Y, Honjo T, Gajewski TF (February 2004). "PD-L1/B7H-1 inhibits the effector phase of tumor rejection by T cell receptor (TCR) transgenic CD8+ T cells". Penelitian kanker. 64 (3): 1140–5. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-03-3259 . PMID14871849.
  38. ^
  39. Nishimura H, Nose M, Hiai H, Minato N, Honjo T (August 1999). "Development of lupus-like autoimmune diseases by disruption of the PD-1 gene encoding an ITIM motif-carrying immunoreceptor". Kekebalan. 11 (2): 141–51. doi:10.1016/S1074-7613(00)80089-8. PMID10485649.
  40. ^
  41. Nishimura H, Okazaki T, Tanaka Y, Nakatani K, Hara M, Matsumori A, Sasayama S, Mizoguchi A, Hiai H, Minato N, Honjo T (January 2001). "Autoimmune dilated cardiomyopathy in PD-1 receptor-deficient mice". Sains. 291 (5502): 319–22. Bibcode:2001Sci. 291..319N. doi:10.1126/science.291.5502.319. PMID11209085.
  42. ^
  43. Carter L, Fouser LA, Jussif J, Fitz L, Deng B, Wood CR, Collins M, Honjo T, Freeman GJ, Carreno BM (March 2002). "PD-1:PD-L inhibitory pathway affects both CD4(+) and CD8(+) T cells and is overcome by IL-2". European Journal of Immunology. 32 (3): 634–43. doi: 10.1002/1521-4141(200203)32:3<634::AID-IMMU634>3.0.CO2-9 . PMID11857337.
  44. ^
  45. Barber DL, Wherry EJ, Masopust D, Zhu B, Allison JP, Sharpe AH, Freeman GJ, Ahmed R (February 2006). "Restoring function in exhausted CD8 T cells during chronic viral infection". Alam. 439 (7077): 682–7. Bibcode:2006Natur.439..682B. doi:10.1038/nature04444. PMID16382236. S2CID205210800.
  46. ^
  47. Ohigashi Y, Sho M, Yamada Y, Tsurui Y, Hamada K, Ikeda N, Mizuno T, Yoriki R, Kashizuka H, Yane K, Tsushima F, Otsuki N, Yagita H, Azuma M, Nakajima Y (April 2005). "Clinical significance of programmed death-1 ligand-1 and programmed death-1 ligand-2 expression in human esophageal cancer". Penelitian Kanker Klinis. 11 (8): 2947–53. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-04-1469 . PMID15837746.
  48. ^
  49. Said EA, Dupuy FP, Trautmann L, Zhang Y, Shi Y, El-Far M, Hill BJ, Noto A, Ancuta P, Peretz Y, Fonseca SG, Van Grevenynghe J, Boulassel MR, Bruneau J, Shoukry NH, Routy JP, Douek DC, Haddad EK, Sekaly RP (April 2010). "Programmed death-1-induced interleukin-10 production by monocytes impairs CD4+ T cell activation during HIV infection". Obat Alami. 16 (4): 452–9. doi:10.1038/nm.2106. PMC4229134 . PMID20208540.
  50. ^
  51. Pauken KE, Wherry EJ (2015). "Overcoming T cell exhaustion in infection and cancer". Tren dalam Imunologi. 36 (4): 265–76. doi:10.1016/j.it.2015.02.008. PMC4393798 . PMID25797516.
  52. ^
  53. Wang X, Teng F, Kong L, Yu J (August 2016). "PD-L1 expression in human cancers and its association with clinical outcomes". OncoTargets and Therapy. 9: 5023–39. doi:10.2147/OTT.S105862. PMC4990391 . PMID27574444.
  54. ^
  55. Gandini S, Massi D, Mandalà M (April 2016). "PD-L1 expression in cancer patients receiving anti PD-1/PD-L1 antibodies: A systematic review and meta-analysis". Ulasan Kritis dalam Onkologi/Hematologi. 100: 88–98. doi:10.1016/j.critrevonc.2016.02.001. PMID26895815.
  56. ^
  57. Weber J (October 2010). "Immune checkpoint proteins: a new therapeutic paradigm for cancer--preclinical background: CTLA-4 and PD-1 blockade". Seminars in Oncology. 37 (5): 430–9. doi:10.1053/j.seminoncol.2010.09.005. PMID21074057.
  58. ^
  59. Herbst RS, Soria JC, Kowanetz M, Fine GD, Hamid O, Gordon MS, Sosman JA, McDermott DF, Powderly JD, Gettinger SN, Kohrt HE, Horn L, Lawrence DP, Rost S, Leabman M, Xiao Y, Mokatrin A, Koeppen H, Hegde PS, Mellman I, Chen DS, Hodi FS (November 2014). "Predictive correlates of response to the anti-PD-L1 antibody MPDL3280A in cancer patients". Alam. 515 (7528): 563–7. Bibcode:2014Natur.515..563H. doi:10.1038/nature14011. PMC4836193 . PMID25428504.
  60. ^
  61. Snyder A, Makarov V, Merghoub T, Yuan J, Zaretsky JM, Desrichard A, Walsh LA, Postow MA, Wong P, Ho TS, Hollmann TJ, Bruggeman C, Kannan K, Li Y, Elipenahli C, Liu C, Harbison CT, Wang L, Ribas A, Wolchok JD, Chan TA (December 2014). "Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma". Jurnal Kedokteran New England. 371 (23): 2189–99. doi:10.1056/nejmoa1406498. PMC4315319 . PMID25409260.
  62. ^
  63. Buchbinder EI, Desai A (February 2016). "CTLA-4 and PD-1 Pathways: Similarities, Differences, and Implications of Their Inhibition". American Journal of Clinical Oncology. 39 (1): 98–106. doi:10.1097/COC.0000000000000239. PMC4892769 . PMID26558876.
  64. ^ AB
  65. Curran MA, Montalvo W, Yagita H, Allison JP (March 2010). "PD-1 and CTLA-4 combination blockade expands infiltrating T cells and reduces regulatory T and myeloid cells within B16 melanoma tumors". Prosiding National Academy of Sciences Amerika Serikat. 107 (9): 4275–80. Bibcode:2010PNAS..107.4275C. doi:10.1073/pnas.0915174107. PMC2840093 . PMID20160101.
  66. ^
  67. Sliwkowski MX, Mellman I (September 2013). "Antibody therapeutics in cancer". Sains. 341 (6151): 1192–8. Bibcode:2013Sci. 341.1192S. doi:10.1126/science.1241145. PMID24031011. S2CID29830409.
  68. ^ AB
  69. Chen DS, Mellman I (July 2013). "Oncology meets immunology: the cancer-immunity cycle". Kekebalan. 39 (1): 1–10. doi: 10.1016/j.immuni.2013.07.012 . PMID23890059.
  70. ^ ABCD
  71. Topalian SL, Taube JM, Anders RA, Pardoll DM (May 2016). "Mechanism-driven biomarkers to guide immune checkpoint blockade in cancer therapy". Nature Reviews. Kanker. 16 (5): 275–87. doi:10.1038/nrc.2016.36. PMC5381938 . PMID27079802.
  72. ^
  73. Topalian SL, Hodi FS, Brahmer JR, Gettinger SN, Smith DC, McDermott DF, Powderly JD, Carvajal RD, Sosman JA, Atkins MB, Leming PD, Spigel DR, Antonia SJ, Horn L, Drake CG, Pardoll DM, Chen L, Sharfman WH, Anders RA, Taube JM, McMiller TL, Xu H, Korman AJ, Jure-Kunkel M, Agrawal S, McDonald D, Kollia GD, Gupta A, Wigginton JM, Sznol M (June 2012). "Safety, activity, and immune correlates of anti-PD-1 antibody in cancer". Jurnal Kedokteran New England. 366 (26): 2443–54. doi:10.1056/NEJMoa1200690. PMC3544539 . PMID22658127. Lay summary – Waktu New York.
  74. ^
  75. "FDA approves Keytruda for advanced non-small cell lung cancer". U.S. Food and Drug Administration (FDA) Press Release. 2 October 2015.
  76. ^
  77. Porichis F, Kaufmann DE (March 2012). "Role of PD-1 in HIV pathogenesis and as target for therapy". Current HIV/AIDS Reports. 9 (1): 81–90. doi:10.1007/s11904-011-0106-4. PMC3731769 . PMID22198819.
  78. ^
  79. Chew GM, Fujita T, Webb GM, Burwitz BJ, Wu HL, Reed JS, Hammond KB, Clayton KL, Ishii N, Abdel-Mohsen M, Liegler T, Mitchell BI, Hecht FM, Ostrowski M, Shikuma CM, Hansen SG, Maurer M, Korman AJ, Deeks SG, Sacha JB, Ndhlovu LC (January 2016). "TIGIT Marks Exhausted T Cells, Correlates with Disease Progression, and Serves as a Target for Immune Restoration in HIV and SIV Infection". Patogen PLOS. 12 (1): e1005349. doi:10.1371/journal.ppat.1005349. PMC4704737 . PMID26741490.
  80. ^ AB
  81. Velu V, Shetty RD, Larsson M, Shankar EM (February 2015). "Role of PD-1 co-inhibitory pathway in HIV infection and potential therapeutic options". Retrovirology. 12: 14. doi:10.1186/s12977-015-0144-x. PMC4340294 . PMID25756928.
  82. ^ AB
  83. Baruch K, Deczkowska A, Rosenzweig N, Tsitsou-Kampeli A, Sharif AM, Matcovitch-Natan O, Kertser A, David E, Amit I, Schwartz M (February 2016). "PD-1 immune checkpoint blockade reduces pathology and improves memory in mouse models of Alzheimer's disease". Obat Alami. 22 (2): 135–7. doi:10.1038/nm.4022. PMID26779813. S2CID20699898.
  84. ^
  85. Kurnellas MP, Adams CM, Sobel RA, Steinman L, Rothbard JB (April 2013). "Amyloid fibrils composed of hexameric peptides attenuate neuroinflammation". Ilmu Kedokteran Terjemahan. 5 (179): 179ra42. doi:10.1126/scitranslmed.3005681. PMC3684024 . PMID23552370.
  86. ^
  87. Kurnellas MP, Ghosn EE, Schartner JM, Baker J, Rothbard JJ, Negrin RS, Herzenberg LA, Fathman CG, Steinman L, Rothbard JB (December 2015). "Amyloid fibrils activate B-1a lymphocytes to ameliorate inflammatory brain disease". Prosiding National Academy of Sciences Amerika Serikat. 112 (49): 15016–23. Bibcode:2015PNAS..11215016K. doi:10.1073/pnas.1521206112. PMC4679000 . PMID26621719.
  88. ^
  89. Kurnellas MP, Schartner JM, Fathman CG, Jagger A, Steinman L, Rothbard JB (August 2014). "Mechanisms of action of therapeutic amyloidogenic hexapeptides in amelioration of inflammatory brain disease". Jurnal Kedokteran Eksperimental. 211 (9): 1847–56. doi:10.1084/jem.20140107. PMC4144739 . PMID25073790.
  • Vibhakar R, Juan G, Traganos F, Darzynkiewicz Z, Finger LR (April 1997). "Activation-induced expression of human programmed death-1 gene in T-lymphocytes". Penelitian Sel Eksperimental. 232 (1): 25–8. doi:10.1006/excr.1997.3493. PMID9141617.
  • Finger LR, Pu J, Wasserman R, Vibhakar R, Louie E, Hardy RR, Burrows PD, Billips LG (September 1997). "The human PD-1 gene: complete cDNA, genomic organization, and developmentally regulated expression in B cell progenitors". gen. 197 (1–2): 177–87. doi:10.1016/S0378-1119(97)00260-6. PMID9332365.
  • Iwai Y, Okazaki T, Nishimura H, Kawasaki A, Yagita H, Honjo T (October 2002). "Microanatomical localization of PD-1 in human tonsils". Surat Imunologi. 83 (3): 215–20. doi:10.1016/S0165-2478(02)00088-3. PMID12095712.
  • Prokunina L, Castillejo-López C, Oberg F, Gunnarsson I, Berg L, Magnusson V, Brookes AJ, Tentler D, Kristjansdóttir H, Gröndal G, Bolstad AI, Svenungsson E, Lundberg I, Sturfelt G, Jönssen A, Truedsson L, Lima G, Alcocer-Varela J, Jonsson R, Gyllensten UB, Harley JB, Alarcón-Segovia D, Steinsson K, Alarcón-Riquelme ME (December 2002). "A regulatory polymorphism in PDCD1 is associated with susceptibility to systemic lupus erythematosus in humans". Genetika Alam. 32 (4): 666–9. doi:10.1038/ng1020. PMID12402038. S2CID20496046.
  • Bennett F, Luxenberg D, Ling V, Wang IM, Marquette K, Lowe D, Khan N, Veldman G, Jacobs KA, Valge-Archer VE, Collins M, Carreno BM (January 2003). "Program death-1 engagement upon TCR activation has distinct effects on costimulation and cytokine-driven proliferation: attenuation of ICOS, IL-4, and IL-21, but not CD28, IL-7, and IL-15 responses". Journal of Immunology. 170 (2): 711–8. doi: 10.4049/jimmunol.170.2.711 . PMID12517932.
  • Wang S, Bajorath J, Flies DB, Dong H, Honjo T, Chen L (May 2003). "Molecular modeling and functional mapping of B7-H1 and B7-DC uncouple costimulatory function from PD-1 interaction". Jurnal Kedokteran Eksperimental. 197 (9): 1083–91. doi:10.1084/jem.20021752. PMC2193977 . PMID12719480.
  • Youngnak P, Kozono Y, Kozono H, Iwai H, Otsuki N, Jin H, Omura K, Yagita H, Pardoll DM, Chen L, Azuma M (August 2003). "Differential binding properties of B7-H1 and B7-DC to programmed death-1". Biochemical and Biophysical Research Communications. 307 (3): 672–7. doi:10.1016/S0006-291X(03)01257-9. PMID12893276.
  • Nielsen C, Hansen D, Husby S, Jacobsen BB, Lillevang ST (December 2003). "Association of a putative regulatory polymorphism in the PD-1 gene with susceptibility to type 1 diabetes". Tissue Antigens. 62 (6): 492–7. doi:10.1046/j.1399-0039.2003.00136.x. PMID14617032.
  • Prokunina L, Gunnarsson I, Sturfelt G, Truedsson L, Seligman VA, Olson JL, Seldin MF, Criswell LA, Alarcón-Riquelme ME (January 2004). "The systemic lupus erythematosus-associated PDCD1 polymorphism PD1.3A in lupus nephritis". Arthritis dan Reumatik. 50 (1): 327–8. doi: 10.1002/art.11442 . PMID14730631.
  • Lin SC, Yen JH, Tsai JJ, Tsai WC, Ou TT, Liu HW, Chen CJ (March 2004). "Association of a programmed death 1 gene polymorphism with the development of rheumatoid arthritis, but not systemic lupus erythematosus". Arthritis dan Reumatik. 50 (3): 770–5. doi: 10.1002/art.20040 . PMID15022318.
  • Prokunina L, Padyukov L, Bennet A, de Faire U, Wiman B, Prince J, Alfredsson L, Klareskog L, Alarcón-Riquelme M (June 2004). "Association of the PD-1.3A allele of the PDCD1 gene in patients with rheumatoid arthritis negative for rheumatoid factor and the shared epitope". Arthritis dan Reumatik. 50 (6): 1770–3. doi: 10.1002/art.20280 . PMID15188352.
  • Sanghera DK, Manzi S, Bontempo F, Nestlerode C, Kamboh MI (October 2004). "Role of an intronic polymorphism in the PDCD1 gene with the risk of sporadic systemic lupus erythematosus and the occurrence of antiphospholipid antibodies". Genetika Manusia. 115 (5): 393–8. doi:10.1007/s00439-004-1172-0. PMID15322919. S2CID8562917.
  • Nielsen C, Laustrup H, Voss A, Junker P, Husby S, Lillevang ST (2005). "A putative regulatory polymorphism in PD-1 is associated with nephropathy in a population-based cohort of systemic lupus erythematosus patients". Lupus. 13 (7): 510–6. doi:10.1191/0961203303lu1052oa. PMID15352422. S2CID33705026.
  • Johansson M, Arlestig L, Möller B, Rantapää-Dahlqvist S (June 2005). "Association of a PDCD1 polymorphism with renal manifestations in systemic lupus erythematosus". Arthritis dan Reumatik. 52 (6): 1665–9. doi: 10.1002/art.21058 . PMID15934088.
  • Nielsen C, Ohm-Laursen L, Barington T, Husby S, Lillevang ST (June 2005). "Alternative splice variants of the human PD-1 gene". Cellular Immunology. 235 (2): 109–16. doi:10.1016/j.cellimm.2005.07.007. PMID16171790.
  • Parry RV, Chemnitz JM, Frauwirth KA, Lanfranco AR, Braunstein I, Kobayashi SV, Linsley PS, Thompson CB, Riley JL (November 2005). "CTLA-4 and PD-1 receptors inhibit T-cell activation by distinct mechanisms". Molecular and Cellular Biology. 25 (21): 9543–53. doi:10.1128/MCB.25.21.9543-9553.2005. PMC1265804 . PMID16227604.
  • Kobayashi M, Kawano S, Hatachi S, Kurimoto C, Okazaki T, Iwai Y, Honjo T, Tanaka Y, Minato N, Komori T, Maeda S, Kumagai S (November 2005). "Enhanced expression of programmed death-1 (PD-1)/PD-L1 in salivary glands of patients with Sjögren's syndrome". Jurnal Reumatologi. 32 (11): 2156–63. PMID16265694.
    at the US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
  • Overview of all the structural information available in the PDB for UniProt: Q15116 (Programmed cell death protein 1) at the PDBe-KB.

This article incorporates text from the United States National Library of Medicine, which is in the public domain.


Raman Spectroscopy of Proteins

A protein Raman spectrum comprises discrete bands representing vibrational modes of the peptide backbone and its side chains. The spectral positions, intensities, and polarizations of the Raman bands are sensitive to protein secondary, tertiary, and quaternary structures and to side -chain orientations and local environments. In favorable cases, the Raman spectrum serves as an empirical signature of protein three-dimensional structure, intramolecular dynamics, and intermolecular interactions. Here, the strengths of Raman spectroscopy are illustrated by considering recent applications that address (1) subunit folding and recognition in assembly of the icosahedral capsid of bacteriophage P22, (2) orientations of subunit main chains and side chains in native filamentous viruses, (3) roles of cysteine hydrogen bonding in the folding, assembly, and function of virus structural proteins, and (4) structural determinants of protein/DNA recognition in gene regulatory complexes. Conventional Raman, UV-resonance Raman, and polarized Raman techniques are surveyed.


Protein structure

Proteins, similar to carbohydrates and lipids, are made up of such elements as carbon, hydrogen and oxygen.

They are amino acid chains, made up from 20 different L-alpha-amino acids, also referred to as residues, that fold into unique three-dimensional protein structures.

The shape in which a protein naturally folds is known as its native state, which is determined by its sequence of amino acids.

Under 40 residues the term peptide is frequently used.

A certain number of residues is necessary to perform a particular biochemical function, and around 40-50 residues appears to be the lower limit for a functional domain size.

Protein sizes range from this lower limit to several thousand residues in multi-functional or structural proteins.

However, the current estimate for the average protein length is around 300 residues.

Very large aggregates can be formed from protein subunits, for example many thousand actin molecules assemble into an actin filament.

Large protein complexes with RNA are found in the ribosome particles, which are in fact 'ribozymes'.


Wilayah

Kunci fiturPosisiDeskripsi Tindakan Tampilan grafisPanjang
<p>This subsection of the 'Family and Domains' section describes a region of interest that cannot be described in other subsections.<p><a href='/help/region' target='_top'>More. </a></p> Region i 268 – 287 Interaction with pAP UniRule annotation

Manual assertion according to rules i

<p>Information which has been generated by the UniProtKB automatic annotation system, without manual validation.</p> <p><a href="/manual/evidences#ECO:0000256">More. </a></p> Automatic assertion according to sequence analysis i


<p>This section describes post-translational modifications (PTMs) and/or processing events.<p><a href='/help/ptm_processing_section' target='_top'>More. </a></p> PTM / Processing i

Molecule processing

Kunci fiturPosisiDeskripsi Tindakan Tampilan grafisPanjang
<p>This subsection of the 'PTM / Processing' section describes the extent of a polypeptide chain in the mature protein following processing or proteolytic cleavage.<p><a href='/help/chain' target='_top'>More. </a></p> Chain i PRO_0000218099 1 – 185 SAR-endolysin Add BLAST 185

Amino acid modifications

Kunci fiturPosisiDeskripsi Tindakan Tampilan grafisPanjang
<p>This subsection of the PTM / Processing":/help/ptm_processing_section section describes the positions of cysteine residues participating in disulfide bonds.<p><a href='/help/disulfid' target='_top'>More. </a></p> Disulfide bond i 13 ↔ 44 In the active soluble endolysin UniRule annotation

Manual assertion according to rules i

Manual assertion based on experiment in i

Manual assertion according to rules i

Manual assertion based on experiment in i

<p>This subsection of the <a href="http://www.uniprot.org/help/ptm%5Fprocessing%5Fsection">PTM/processing</a> section describes post-translational modifications (PTMs). This subsection <strong>complements</strong> the information provided at the sequence level or describes modifications for which <strong>position-specific data is not yet available</strong>.<p><a href='/help/post-translational_modification' target='_top'>More. </a></p> Post-translational modification i

Manual assertion according to rules i

Manual assertion based on experiment in i

Keywords - PTM i

Proteomic databases

PRoteomics IDEntifications database


G Protein-Coupled Receptors

In the past five years, the field of GPCR structure has exploded. GPCRs (G protein-coupled receptors) are small membrane-spanning proteins, with most of their surface buried inside the membrane. This makes them notoriously difficult to crystallize. However, there is a great incentive to determine these structures: GPCRs are at the center of signaling pathways that control all manner of essential processes, ranging from vision to carcinogenesis, and thus are important targets for therapeutic intervention. The structure of rhodopsin in 2000 set the stage, giving the first glimpse at their structure. Recently, the development of clever engineering techniques, such as fusing soluble proteins to the receptor or decorating them with antibodies or nanobodies, have provided crystallographic structures for a wide range of GPCRs with diffusable ligands.

Anatomy of a GPCR

By comparing the different GPCR structures, researchers at the PSI GPCR Network have revealed a few common themes in their form and function, as shown here on the beta2 adrenergic receptor (PDB entry 2rh1). As expected, all have the characteristic seven alpha helices passing up and down through the membrane, connected by loops that extend into the surrounding solvent on both sides of the membrane. Several of the helices are punctuated by proline amino acids (shown here in magenta) that form kinks in the helices. These kinks perform two functions. First, they redirect the helices inwards, helping to form a more compact structure. Also, PSI researchers have found that these kinks divide the receptor into two modules. The extracellular module (colored red here) binds to ligands, and tends to be rather different when comparing different GPCRs, the intracellular module (colored blue here) is quite similar in different GPCRs, reflecting the need for the different receptors to interact with a common set of G proteins.

G-proteins and GPCR

GPCR molecules bind to their ligands, then transmit this signal across the membrane to heterotrimeric G proteins. When the G protein binds to the activated GPCR, it loses a bound GDP molecule, replaces it with GTP, and falls into two pieces. The activated G proteins then trigger a cascade of signals inside the cell. until the GTP breaks down into GDP. This structure (PDB entry 3sn6) shows the interaction of a beta2 adrenergic receptor (in pink) with its G protein (in blue). The structure captures the complex in the middle of the process of signaling, after the GDP has been lost, but before it picks up a new GTP.

Two Receptors are Better than One

Nothing is ever simple in biology, and GPCRs are no exception. Signaling by GPCRs may be tuned through the formation of dimers: homodimers of one type of GPCR and heterodimers composed of two different GPCRs. The structures of CXCR4, such as the one shown here from PDB entry 3odu, may be a glimpse of how these dimers form. So far, this is the only GPCR that has formed a side-by-side dimer that is consistent with the way that the receptor binds in the membrane--all the other structures form head-to-tail dimers. This is not surprising, however, since the surfaces of GPCRs are very sticky and do strange things when they are separated from their membranes.

Ligand Binding

In spite of their similarities, each of these GPCRs has a different job: each must bind to one particular type of ligand. By comparing the different GPCR structures, PSI researchers have discovered that the second extracellular loop is particularly important. This loop is quite different in the different GPCR structures. For instance, in rhodopsin (PDB entry 1f88), the loop (shown here in bright green) is closed tightly over the retinal cofactor (shown here in black), but in the other GPCRs with diffusable ligands, it often forms a more open structure. To compare the structures of these different receptors, the JSmol tab below displays an interactive JSmol.

G-Protein-Coupled Receptors (PDB entries 1f88, 3eml, 2vt4, 2rh1, 3odu, 3pbl, 3rze, 4djh, 4dkl, 4ea3 & 3v2y)

Eleven different GPCR structures are superimposed in this Jmol. As you flip through the structures, notice the similarity in the membrane-spanning helices (shown in pink), and the diversity in the second extracellular loop (in bright green). In each case, the ligand is shown in spacefilling representation with atomic colors.

Referensi

Katritch, V., Cherezov, V. & Stevens, R. C. Diversity and modularity of G protein-coupled receptor structures. Trends Pharmacol. Sci. 33, 17-27 (2012).

References to Structures

1f88 - Palczewski, K., et al. Crystal structure of rhodopsin: a G protein-coupled receptor. Science 289, 739-745 (2000).

3eml - Jaakola, V. P., et al. The 2.6 angstrom crystal structure of human A2A adenosine receptor bound to an antagonist. Science 322, 1211-1217 (2008).

2vt4 - Warne, A., et al. Structure of the beta1-adrenergic G protein-coupled receptor. Nature 454, 486-491 (2008).

2rh1 - Cherezov, V., et al. Struktur kristal resolusi tinggi dari reseptor berpasangan protein G beta2-adrenergik manusia yang direkayasa. Science 318, 1258-1265 (2007).

3odu - Wu, B. et al. Structures of the CXCR4 chemokine GPCR with small-molecule and cyclic peptide antagonists. Science 330, 1066-1071 (2010).

3pbl - Chien, E. Y., et al. Structure of the human dopamine D3 receptor in complex with a D2/D3 selective antagonist. Science 330, 1091-1095 (2010).

3rze - Shimamura, T. Structure of the human histamine H1 receptor complex with doxepin. Nature 467, 65-70 (2011).

4djh - Wu, H., et al. Structure of the human kappa opioid receptor with JDTic. Nature Epub doi: 10.1038/nature10939.

4dkl - Manglik, A., et al. Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist. Nature Epub doi: 10.1038/nature10954.

3v2y - Hanson, M. A., et al. Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor. Science 335, 851-855 (2012).

4ea3 - Thompson, A. A., et al. Structure of the nociceptin/orphanin FQ receptor in complex with a peptide mimetic. Nature, in press.

3sn6 - Rasmussen, S. G. F., et al. Crystal structure of the beta2 adrenergic receptor-Gs protein complex. Nature 477, 549-555 (2011).

2che - Stock, A. M. et al. Structure of the Mg(2+)-bound form of CheY and mechanism of phosphoryl transfer in bacterial chemotaxis. Biochemistry 32, 13375-13380 (1993).

Tentang PDB-101

PDB-101 membantu guru, siswa, dan masyarakat umum menjelajahi dunia 3D protein dan asam nukleat. Mempelajari beragam bentuk dan fungsinya membantu memahami semua aspek biomedis dan pertanian, mulai dari sintesis protein hingga kesehatan dan penyakit hingga energi biologis.

Mengapa PDB-101? Para peneliti di seluruh dunia membuat struktur 3D ini tersedia secara gratis di arsip Protein Data Bank (PDB). PDB-101 membuat materi pengantar untuk membantu pemula memulai subjek ("101", seperti dalam kursus tingkat pemula) serta sumber daya untuk pembelajaran lanjutan.